Bioinformatics, as I see it, is the application of the tools of computer science (such as programming languages, algorithms, and databases) to address biological problems (for example, inferring the evolutionary relationship between a group of organisms based on fragments of their genomes, or understanding if or how the community of microorganisms that live in my gut changes if I modify my diet).
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教材目录(2021版):前言第1章 分子生物学基础(Molecular Biology)（课件PPT）
1.2 基因表达：生物遗传信息的流动 1.3 生物序列处理（DNA_sequence.txt） 第2章 计算机技能基础(Computer Skills)（课件PDF）
2.2 网络搜索引擎 2.3 常用生物软件 （BioEdit） 2.4 Windows中使用Linux系统 第3章 生物数据库(Biological Databases)（课件PDF）
3.2 初级数据库与二级数据库 3.3 NCBI查找胰岛素基因序列 第4章 序列比对(Sequence Alignment)（课件PDF）
4.2 动态规划算法(Dynamic programming) 4.3 全局比对与局部比对 4.4 多重序列比对 4.5 双序列比对实践（flu-HA_aa.fasta） 4.6 BioEdit进行多序列比对、编辑与美化 第5章 序列数据库搜索(BLAST)（课件PDF）
5.2 NCBI网站BLAST搜索（whatami.fasta） 5.3 本地BLAST搜索（16S_rDNA.fasta / 16SMicrobial.tar.gz） 第6章 系统发育树(Phylogenetic tree)（课件PDF）
6.2 分子系统发育树的构建方法 6.3 MEGA构建进化树实训（MEGA-X） 第7章 蛋白质结构预测(Protein Structure)（课件PDF）
7.2 蛋白质三维结构数据库 7.3 蛋白质三维结构可视化（PyMOL-v1.3r1-edu） 7.4 蛋白质三维结构的同源建模 第8章 PCR引物设计(Primer Design)（课件PDF）
8.2 实时荧光定量PCR技术的原理与方法 8.3 Primer Premier5的使用（GFP_gene.fasta / PrimerPremier5.0） 第9章 DNA测序(DNA Sequencing)（课件PDF）
9.2 碱基读取(base calling) 9.3 Sanger测序结果分析（16SrDNA_Sequencing.zip） 第10章 基因组学(Genomics)（课件PDF）
10.2 基因组组装与注释 10.3 模式生物基因组 10.4 微生物基因组比对与可视化 第11章 下一代测序基础(Next Generation Sequencing)（课件PDF）
11.2 Illumina测序原理（下载视频） 11.3 NGS数据的质量控制 11.4 测序数据质控分析实践（bad_seq.fastq.gz） 第12章 全基因组重测序(Whole Genome Resequencing)（课件PDF）
12.2 变异识别(variants calling)（文献：Genotype and SNP calling from next-generation sequencing data） 12.3 全基因组重测序分析实践（SRR11140750.fastq.gz） 第13章 基因组组装(Genome Assembly)（课件PDF）
13.2 序列组装过程 (文献：How to apply de Bruijn graphs to genome assembly) 13.3 组装质量的评价 13.4 基因组组装实践（测序数据：SRR10971381） 第14章 转录组测序(RNA-Seq)（课件PDF）
14.2 RNA-Seq数据分析流程（图14.4-pipeline、图14.5-tools） 14.3 RNA-Seq数据分析实践 第15章 宏基因组学(Metagenomics)（课件PDF）
15.2 实验设计与测序的影响因素 （图15.2-16SrDNA） 15.3 扩增子测序数据分析 15.4 16S rDNA扩增子数据分析实践 （分析流程） |
1. Linux操作系统入门（点击阅读）
2. R语言编程入门（点击阅读）
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